Двачую Крупу, неформатное там на втором этаже в большом зале, новое - по разным лавочкам, посреди зала букинистические завалы, там можно найти очень многое. Что-то конкретное можно попросить и продавцы, возможно, закажут по своим каналам. Хотя это будет дороже, и если что-то совсем редкое - не факт, что найдут. Мне случалось столкнуться с принципиальной невозможностью купить нужное, причем в последнее время все чаще, но я не могу понять, то ли это Крупа портится, то ли у меня потребности так неебически возросли.
Еще есть старые книги, как уже сказали аноны выше. Хороший, годный букинистический с околонаучным ассортиментом есть у Василеостровской, на 9ой (?) линии, там, впрочем, не матан, а все больше история, философия, филология, кое-что из литературы etc. Матан есть вроде где-то у Площади Восстания и на Литейном, но это надо уточнять, автор этих строк гумманитарий и покупать матан у него потребности никогда особо не было. У той же Василеостровской есть еще две "старых книги", там большей частью художка, ассортимент меньше и хуже, но и цены тоже поменьше, иногда там тоже можно что-то найти.
А вообще список питерских букинистов был, если мне память не изменяет, где-то на Алибе (alib.ru), они там его периодически проверяют на полноту и актуальность. Cам Алиб тоже, кстати, иногда неплох, сильно там не сэкономишь, зато что-то конкретное достать бывает проще, чем по традиционным букинистам.
Да, новая научная и около литература покупается в специальных магазинчиках по городу, обычно бывают в местах скопления университетов, в частности на Ваське дофига. При конкретных факультетах расширенный ассортимент факультетской тематики, вход туда свободный. Такие есть, например, при филфаке СПбГУ, при истфаке, на 1ой линии (или какая там парная со Съездовской?), на Менделеевской был магазин какого-то крупного издательства, чуть ли не "Науки". Хотя не шибко дешево, но есть книги, которые только там и можно найти.
Алсо, Буквоеды - для быдла. Еще на Снарк бы пожаловался.