24 декабря Архивач восстановлен после серьёзной аварии. К сожалению, значительная часть сохранённых изображений и видео была потеряна. Подробности случившегося. Мы призываем всех неравнодушных помочь нам с восстановлением утраченного контента!
Видеокарты NVIDIA позволили моделировать поведение
Видеокарты NVIDIA позволили моделировать поведение живой клетки из миллиардов атомов
Это симуляция жизни, созданная в американском университете. Покажите мне симуляцию жизни, созданную в российском.
Исследователи из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне создали программное обеспечение с GPU-ускорением для моделирования жизненных процессов клетки из 2 млрд атомов. Внутри клетки происходят метаболические процессы — она живёт и развивается как живая. Технология позволяет дать простой ответ на массу вопросов о поведении клетки в тех или иных условиях. И это не данные финальных расчётов — клетка «живёт», а учёные наблюдают.
Несмотря на высочайшую сложность и детализацию модели, без упрощений обойтись не удалось. Но даже упрощённая модель имитирует 7000 процессов обработки генетической информации в течение 20-минутного жизненного клеточного цикла. Утверждается, что это самая длинная и сложная симуляция клетки на сегодняшний день. Число генов модели было урезано до 500 штук. Осталось только то минимальное количество генов, которое необходимо для выживания клетки. Для сравнения, кишечная палочка содержит информацию в 5000 генов. Сохранённые гены позволили клетке нормально развиваться во всех смыслах и дойти до стадии репликации.
Физические и химические процессы в цифровой модели воспроизводились на уровне взаимодействия атомов. Можно представить, что в случае достаточных вычислительных ресурсов подобным образом можно запрограммировать жизнь любой сложности, и она даже не будет подозревать, что это настоящая нематериальная жизнь. Когда-нибудь, но очень и очень нескоро, в цифровую форму можно будет перевести любую жизнь. На малой форме это уже доказано.
Модель клетки вырабатывает белки, её компоненты производят энергию, дающую ей жизнь, транскрибирует гены, разбираясь с инструкцией своей жизнедеятельности, и делает многое другое, что положено настоящей живой клетке.
Изучение модели поможет учёным предсказать, как изменение условий или геномов реальных клеток повлияет на их функционирование. Это необходимо для поиска новых лекарств и для изучения течения болезней. Оптимизация пакета Lattice Microbes для запуска на GPU NVIDIA позволила наблюдать за цифровой моделью клетки в реальном масштабе времени. Более того, использование новых ускорителей RTX A5000 повысило производительность пакета на 40 % по сравнению с предыдущими GPU NVIDIA.
Интересно одноклеточный смоделированный хохол был бы умнее настоящего?
Аноним ID: Ненасытный Иван Сученко23/01/22 Вск 01:18:43#3№45970876
>>45970836 (OP) > Покажите мне симуляцию жизни, созданную в российском. Такая есть у нас, называется украинцы. С 20ых годов прошлого века зоонаблюдаем за творением рук советских ученых. А твоя видеокарта может создать квазигасударство с симуляцией жизни, которая считает, что они действительно живут?
>>45970836 (OP) В СССР была мощнейшая в мире сеть институтов по извчению мозга. Потом пришла либерастня и сказала, что НИНУЖНА, торговать нефтью за бусы наше всё. Теперь снова приходит либерастня и спрашивает где наши институты. Вы ебанутые?
>>45970978 >в СССР полторы бабки заряжали банки >в это время в США четверть населения считала, что земля вертится вокруг солнца, верили в бога 90%, а количество сект исчислялось тысячами >РРРЯЯЯ ТУПЫЕ САФКИ Иди в кэшбери вложись или в саентологи вступи, поридж ебаный.
Хрень на самом деле, там нет никакого моделирования вплоть до атомов, любая видюха пукнет уже на простом сворачивании белков, как говорить о их взаимодействии или клеточном делении?
>>45971022 Так скажу, если уж и заниматься моделированием сознания, в чем глобально сложностей нет, то делать это надо не на основе программирования, а напрямую на материальных чипах, каждый чип это нейрон, а дорожки между ними это аксони и дендриты. В таком случае намного вероятнее сделать мозг на 1 млрд нейронов.
>>45971037 >>45971022 В ваших маняфантазиях может и можно, но мозг не так ограничено работает, как вы полагаете. Как вы собираетесь создавать машину, в которой будут разрушаться и создаваться связи в зависимости от задач? >напрямую на материальных чипах, каждый чип это нейрон, а дорожки между ними это аксони и дендриты. То есть это будет просто вычислительная машина без возможности перенаправить её на новую задачу, ахуенный мозг 10/10
>Как вы собираетесь создавать машину, в которой будут разрушаться и создаваться связи в зависимости от задач? Это давно можно сделать даже в нейросетках. И мозг действительно очень ограничено работает, между виноградной улиткой и человеком разница только в количестве нейронов. >То есть это будет просто вычислительная машина без возможности Нет, просто все вычисления должны происходить на железе и атомах напрямую, а не через программный посредник, иначе нам еще долго ждать.
>>45970987 >в это время в США четверть населения считала, что земля вертится вокруг солнца, верили в бога 90%, а количество сект исчислялось тысячами И в чём они не правы? Учитывая, что они построили самую богатую страну, видимо они шарят.
>>45970954 А хули там планировать. У каждого блять магнита например есть план поставок на месяц. Что то блять все работает у них. Пустых полок не наблюдаю. >ряяяя потребность не угодаешь!111 Берут блять одно и тоже. Предугадать потребление хрючева на два-три месяца проше простого.
>>45970836 (OP) Хм, когда я лет 6 назад спрашивал про симуляцию одной живой клетки, мне говорили - невозможно, сложность слишком большая. А вот теперь, похоже, видюхи всё же достигли нужного уровня. Может, если перейдут на 3нм, то смогут без упрощения модели делать симуляцию. А уж если перейдут на углеродные вычислители...
>>45971277 Вот этот аргумент про планировании при капитализме максимально дебильный, братан, не используй его. В планирование при капитализме не вложено удовлетворение потребностей людей, важно просто реализовать товар и выйти в плюс. Тут совсем разный уровень ответственности и вообще разные системы >>45971313 Ну да, только не в отношении планирования производства
>>45971277 >А хули там планировать. У каждого блять магнита например есть план поставок на месяц. О. грязноштанная классика. >Что то блять все работает у них. Пустых полок не наблюдаю Так коммунисты выяснили, что Магнит лучше Госплана.
>>45971037 >а дорожки между ними это аксони и дендриты. В таком случае намного вероятнее сделать мозг на 1 млрд нейронов. Он у тебя сам будет дорожки перепаивать? Сейчас делают связи все-ко-всем, и просто меняют коэффициенты. В случае 10е11 нейронов все-ко-всем будут занимать, соответственно, 10e22 - и это без учёта положения в пространстве, ИРЛ нейроны зрительного нерва не должны связываться с нейронами обонятельной луковицы
>>45971320 >Ну да, только не в отношении планирования производства Производство вполне себе планируется, у Intel, Ford, кучи других компаний есть планы на 5, 10 лет. Я не совсем понял, при чём тут это
>>45971328 Нах ты мне написал про полную симуляцию, если согласен что производство планировать можно и без нее? Или ты думаешь что Интел планирует как ты покупаешь из процессор, приходишь домой и шпилишь в каэсочку? Я об этом
>>45971326 >cвязи все-ко-всем Это для искуственных, а я говорю про естественные нейросети. Преимещество физической реализации в большой маштабируемости.
>>45971336 Intel анализирует тренды на рынке и параллельно вдёт свой RnD. Периодически пробует кое-что новое, успешное внедряет, зафейлившееся - забрасывает. Некоторые штуки, ИМХО, были вполне себе успешными - но их забросили.
Полная симуляция нужна не для планирования производства, а для планирования потребностей, если на то пошло. Т.е. ты сейчас не предугадаешь, ботинки какой форма и какой дизайн интерфейсов будут популярны через 10 лет.
>>45971349 Можно планировать потребности, правда будет небольшой дефицит. Условно, ты хочешь колбасы, заказываешь ее в приложении и на следущий день забираешь эту колбасу в распределительном центре. Так же можно анализируя эти заказы сделать какой-то резерв, высылать в центры определенное количество колбасы, чтоб людям которым не в терпеж можно было ее тоже получить. В этой системе люди будут потреблять разумнее и ресурсы тратиться разумнее.
>>45971352 Вот только они ничего не перестраивают, у тебя немного неправильное представление. Аксоны отходят буквально на первых этапах закладки нейросети, а дендриты просто стыкуются с ними через хеморецепцию. Аксоны задаются генетикой.
>>45971363 Только проблема будет та же что и в совке, люди эти планы выполнять не будут. Только рыночным способом принуждения можно заставить людей работать.
>>45971363 Можно спланировать базовые потребности, это без вопросов. Т.е. план в производстве применяется повсеместно. Попробуй сделать следующий шаг и сказать, где была ошибка совка во внедрении плановой гос. экономики?
>>45971436 Да нет, планирование будет только у роботов. Это как в организме, магистральные сосуды заложены планово-генетически, а ткани питаються капиллярами кабанчиками по принципу спроса и предложения.
>>45971445 На счетах считали и не было достаточно быстрой связи между потребителем и производителем. То-есть ты мог в потребительскую книжку в магазине записать что ты хочешь колбасы, только когда это дойдет до завода, ты уже ее не захочешь. >>45971447 Если компьютер будет учитывать кол-во и анализировать кач-во продукции, то в чем проблема будет?
>>45971457 >То-есть ты мог в потребительскую книжку в магазине записать что ты хочешь колбасы, только когда это дойдет до завода, ты уже ее не захочешь. Wrong. Ошибка была не количественная (недостаточная эффективность, медленность), а качественная
>>45971302 Новость уровня "ученый изнасиловал журналиста" >без упрощений обойтись не удалось Ага, охуеть. Давайте посмотрим: >We present a whole-cell fully dynamical kinetic model (WCM) of JCVI-syn3A, a minimal cell with a reduced genome of 493 genes that has retained few regulatory proteins or small RNAs >Because of the large variation in timescales and concentrations, developing a whole-cell model that treats metabolism, genetic information processes, and growth can, at the moment, only be achieved by hybrid stochastic and deterministic simulations. Kinetics of the essential metabolic network (Breuer et al., 2019) are handled deterministically via ordinary differential equations (ODEs), and the kinetics of the genetic information processes are handled with stochastic simulations То есть всех их кластеров видях хватило на урезанную минимальную модель на 500 генов с 3.5 сигнальными путями без рандома. Ученые, конечно, молодцы и рендер заебись будет, но >Изучение модели поможет учёным предсказать, как изменение условий или геномов реальных клеток повлияет на их функционирование. Это необходимо для поиска новых лекарств и для изучения течения болезней. Не поможет, приходите, когда квантовые комплюктерны на 1000 кубит завезут (но это не точно)
и необходимость такой симуляции очевидна. Можно тестировать лекарства на железе. После полноценной симуляции клетки человека последует грандиозный прорыв в медицине
>Это симуляция жизни, созданная в американском университете. Покажите мне симуляцию жизни, созданную в российском. Это хейт собственной страны от русского хохла. Покажи мне такой же хейт от американца.
>>45973602 > Можно тестировать лекарства на железе Я конечно не слежу за этим, но обкатка таким образом молекул действуещего вещества уже как десять лет минимум просиходит, нам еще на парах по фармакокинетике об этом рассказывали.
>>45971747 >не могу купить Можешь. Везде есть хоть 3080. Ты просто не хочешь платить текущую стоимость. Но это проблема твоей зряплаты в 300 баксов в месяц.
>>45973719 Любую. Если есть технологии сделать одну, то можно сделать любую. Далее следующим этапом будет моделировать группу клеток.
>>45973687 не, до этого вообще какая-то примитивная модель была. причем делали ее дебила на матлабе. Вот когда за дело взялись настоящие программисты, они смоделировали куда более сложную клетку на видеокарте, а не суперкомпьютере
>>45973842 Да. Почитай книжку сталина про проблему социлаизма. Он там цену хлопка выяснял сравнивая с капиталистами
>>45973878 Потому что без знания цены булок в золоте ты не выразишь булки в золоте и не можешь сравнить больше одна булка хлеба килограмма золота или нет
>>45971804 Ну так я и говорю, что ПОКА что видюхи слабоваты. Но вполне возможно, что допилят до вменяемого состояния. Интересно, как будут считать деформации плотности электронного облака при синтезе белков? Сейчас, вроде, это самая большая проблема. И вот непонятно - это облако меняется мгновенно или со скоростью света?
>>45977576 Что? Лоргар, ты как от швабры Коракса сбежал? Император уничтожал религии. Он запрещал себе молиться, чего так хотел Лоргар, и был показательно обоссан за свои молитвы, после чего ему страшно бомбануло. Даже рассказ есть на тему размышлений Императора, "Последний храм". >>45977508 Таблетки.
>>45970836 (OP) >Покажите мне симуляцию жизни, созданную в российском. Паны ебаные хохлы. >>45970876 >А твоя видеокарта может создать квазигасударство с симуляцией жизни, которая считает, что они действительно живут? Такое давно создали, серия The Sims же.
Это симуляция жизни, созданная в американском университете. Покажите мне симуляцию жизни, созданную в российском.
Исследователи из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне создали программное обеспечение с GPU-ускорением для моделирования жизненных процессов клетки из 2 млрд атомов. Внутри клетки происходят метаболические процессы — она живёт и развивается как живая. Технология позволяет дать простой ответ на массу вопросов о поведении клетки в тех или иных условиях. И это не данные финальных расчётов — клетка «живёт», а учёные наблюдают.
Несмотря на высочайшую сложность и детализацию модели, без упрощений обойтись не удалось. Но даже упрощённая модель имитирует 7000 процессов обработки генетической информации в течение 20-минутного жизненного клеточного цикла. Утверждается, что это самая длинная и сложная симуляция клетки на сегодняшний день. Число генов модели было урезано до 500 штук. Осталось только то минимальное количество генов, которое необходимо для выживания клетки. Для сравнения, кишечная палочка содержит информацию в 5000 генов. Сохранённые гены позволили клетке нормально развиваться во всех смыслах и дойти до стадии репликации.
Физические и химические процессы в цифровой модели воспроизводились на уровне взаимодействия атомов. Можно представить, что в случае достаточных вычислительных ресурсов подобным образом можно запрограммировать жизнь любой сложности, и она даже не будет подозревать, что это настоящая нематериальная жизнь. Когда-нибудь, но очень и очень нескоро, в цифровую форму можно будет перевести любую жизнь. На малой форме это уже доказано.
Модель клетки вырабатывает белки, её компоненты производят энергию, дающую ей жизнь, транскрибирует гены, разбираясь с инструкцией своей жизнедеятельности, и делает многое другое, что положено настоящей живой клетке.
Изучение модели поможет учёным предсказать, как изменение условий или геномов реальных клеток повлияет на их функционирование. Это необходимо для поиска новых лекарств и для изучения течения болезней. Оптимизация пакета Lattice Microbes для запуска на GPU NVIDIA позволила наблюдать за цифровой моделью клетки в реальном масштабе времени. Более того, использование новых ускорителей RTX A5000 повысило производительность пакета на 40 % по сравнению с предыдущими GPU NVIDIA.
https://blogs.nvidia.com/blog/2022/01/20/living-cell-simulation/